1937年11月22日，10多位国际友人自发地组织起“南京安全区国际委员会”，德国西门子洋行商人拉贝被推为主席，接着这些国际友人又成立了“国际红十字会南京分会”，魏特琳是国际红十字会会员。她和金女大其他留守的教职员工在金女大设立了“妇孺收容所”。在日军南京大屠杀期间，开展了义薄云天的救助妇孺大行动，被南京市民尊为“万家生佛”。
程瑞芳是金陵女子大学的舍监，在金陵女子大学开始千里流亡办学的西行之路时，魏特琳、程瑞芳和另一个金女大男性职员陈斐然共同组成金女大紧急委员会，组成了由校工组成的治安小组和邻里学校教师薛小姐和学生的难民服务队，金女大从12月8日起就开始接受难民了。在救助难民的日日夜夜中，程瑞芳不仅是魏特琳的得力助手，而且用日记的形式记录下日军的暴行和自己最真实的感受，以及金女大难民收容所的主要活动。一向没有记日记习惯的程瑞芳忍不住将满腔悲愤用日记逐日记下，永志铭记。
这样做，是有相当风险的，如她在12月24日日记中所述：“我写的日记每次要收起来，因怕有日兵来抄，华(小姐)也是。”魏特琳则一般每隔20多天，就将写好的日记邮寄给金陵女子大学在美国纽约校董会的校友。程瑞芳日记是迄今为止所发现的唯一一部由中国人、且为女性，以日记体录下侵华日军在南京大屠杀期间暴行的文字材料，(其余多为追记、回忆)因此足弥珍贵。1946年4月8日，71岁的程瑞芳亲赴日本，在远东军事法庭上作证，用自己在金陵女大安全区的亲历亲见，控诉日军在中国南京所犯下的种种暴行。
日军进入南京，除了野蛮屠杀、抢掠之外，最普遍的罪行就是对妇女的性暴行。究竟有多少妇女在这场劫难中遭到侵略者的蹂躏?据当时国际委员会主席拉贝估计，发生在南京的日军对妇女的强奸案起码有2万起，一向以治学严谨着称的金陵大学美国历史学教授贝德士，在1938年1月初就已经估计“不少于8000起，也许更多”(一月以后大规模的性暴行依然在继续)。就在安全区金陵大学，贝德士耳闻目睹的就有100多例，“人们很难想象这种痛苦和恐怖。小至11岁的女孩和老到53岁的妇女横遭奸污。在神学院里面，17个士兵在光天化日之下轮奸一个妇女。事实上约三分之一此类案件发生在白天。”
在魏特琳的日记里也记下这悲惨的一幕：“昨天，30名女学生在语言学校被抓走。今天我听到了数十起有关昨夜被抓走女孩子的悲惨遭遇，其中一个女孩仅12岁……我估计这座城市每一户人家的门都给打开过，并被反复抢劫。今晚，一辆载有8-10名女子的车从我们这儿经过。当车开过时，她们高喊'救命，救命'……”面对暴行，魏特琳和她的中国同事们所能做的，就是打开校门，尽可能多地救助妇女儿童。以金女大的校园大小和有限的人员，原计划只能接纳2000个难民。
可是，在日军攻占南京前后，许多遭受日军性暴行和性暴力威胁的妇女纷纷逃进女大避难，最高峰时竟达1万3000人。甚至到了1938年3月，还有许多从南京乡下逃来避祸的妇女不断涌入金女大。所有的大厅和走廊、水泥路、露天草坪，都住满了人。许多妇女恳求，哪怕只能在草坪有一个坐的位置，也不肯回到充满恐怖和血腥的家。目睹许多中国妇女剪掉头发，脸上抹灰，装扮成男人和老太婆，千难万险地逃到金女大，哭泣着跪在金女大门前，魏特琳心碎了，她立即让这些妇女都进入校园，她要竭尽全力来保护这些无辜的女性。
在南京大屠杀期间，国际安全区中28个难民营收容了近20万难民，金陵女子文理学院只是其中之一，但是因为她当时只收容妇女和儿童，因此境遇颇为特殊。
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