当然， 蒋介石现在还并不想除掉戴笠，他只是有所猜忌和戒备，只是先从抑制下手。戴笠也看透了蒋的心理，也开始防患于未然。对蒋介石更加忠心耿耿，极力与宋美龄、宋子文进一步密切关系;与胡宗南、顾祝同等实力派将领盟誓以为后盾，同时挟洋人以自重，向海军发展，免得被蒋介石借口只是个特务而被铲除。
拉拢蒋介石周围各色人等包括唐纵的关系，使他们为自己说好话，继续巩固军统局内部，培养毛人凤，以为退路。戴笠也开始整肃内部，不给蒋介石以任何口实。
蒋介石因在抗战时期，有用戴笠之处，故一直没有大动作。
作为蒋介石来说，他是靠特务起家的，何曾想到要“取消”？他决不会放弃特务统治这一宝贝。从内心来说，签订纪要只是虚伪应付，他还是从骨子里要打内战，消灭共产党。和谈只不过是缓兵之计。但是，他要做表面文章，不得不应付共产党和其它民主党派，同时他觉得正好赶上时机有了借口，就是可以抑制一下戴笠和他的军统，使其不能再继续膨胀发展。
蒋介石随即向戴笠秘密发出指示，要求他撤销军统局，化整为零，以减少中共及民主党派攻击的口实。
蒋介石的这个指示很高明：
一、撤销军统，使他有履行“双十协定”的信誉，应付了舆论。
二、抑制了戴笠，使军统再也不能构成对自己的潜在威协。
三、化整为零，并不是取消，等于加强，将来可以东山再起。
四、打着履行“双十协定”的旗号，戴笠无话可说。
五、将戴笠捏在手里，将来撤销军统局对戴笠用与不用，都在自己的手心之中。
蒋介石的这一步棋确实非常高明。
但戴笠看到蒋介石的命令，心情却极为恐慌。戴笠心里很清楚，他不可能抗拒蒋介石的命令，蒋介石终于要开始动手了。
戴笠也明白，如果真的化整为零，他就再也没有什么本钱了。戴笠考虑，先将军令部二厅、内政部警政司掌握起来，将军统控制的军事情报、稽查和国民党军队各级谍报参谋人员划归进二厅，将特工警察划归进警政司。另外加快成立交警总局，将军统掌握的忠义救国军、军统特务团、军委会别动军、交警总队。交通警备司令部所属各团及税警部队，加上接受投降的汪伪税警团和汉奸部队共7个多师，全部编成18个交警总队（相当于陆军加强团）和4个教导总队，全部美式装备，机械化程度也很高。戴笠极重视这些军统掌握的武装部队，认为是最重要的本钱。1946年3月1日，交警总局正式成立。另外，戴笠计划将军统局本部及外勤机关划拨到司法行政部之下成立调查室。
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