1914年(民国三年),清代地方区划制度废除,厦门自同安县独立分置思明县(今厦门市),金门划归思明县管辖。1915年(民国四年)金门独立设县,管辖大、小金门,大、小嶝岛及周边岛屿。1933年闽变发生后一度由“中华共和国”所据,划为泉海省(后改称兴泉省)。1937年(民国二十六年)日军占领金门,金门县政府暂时搬到大嶝乡(即今厦门市翔安区大嶝镇)上租借民房办公,直到1945年(民国三十四年)二次世界大战结束。
解放战争时期,国民党的国民政府全面溃败,退守台湾。中国人民解放军在大陆形势一片大好节节胜利的情况下,准备进行解放台湾的战役。按照毛泽东主席的部署,武力解决台湾问题的三步走战略为:第一,掌握海峡制空制海权;第二,扫除周边岛屿的国民党势力,建立渡海基地;第三,预计于1950~1951年间发起全面的渡海战役。虽然1949年解放军发起金门战役失利,渡海部队三个团全军覆没,但中国人民解放军一直在为解放台湾进行渡海作战进行各项准备工作,从未停止。