商鞅前后两次变法，核心内容即按照源于三晋的法家政治理念与变法经验，增强秦国的“耕战”之力。钱穆在《先秦诸子系年·商君考》中明确指出，编民为伍，彼此连坐之法，出自李悝《法经》;罢黜守旧勋贵出京，整饬军备，沿自吴起;甚至变法之初，立木封金于都城南门，也是模仿吴起“南门偾表”。首先“废井田，开阡陌”，改百步之田亩度量为240步，着重开辟与分配耕地，鼓励垦荒，所以“开阡陌”的最终目的不仅是提升农业生产效率，统一缴税，终极目的也是将土地度量与户籍徭役兵役管理“绑定”在一起。根据商鞅所撰《垦草令》，秦王还采纳了其建议，招徕三晋之人，给予田宅和国人身份待遇，一则削弱了三晋帝国的人力资源和相应的农业生产和军事动员能力，也使相当部分秦国男性青壮年可投军入伍，增强秦军的战斗力。
商鞅变法之另一核心举措，在于在秦国全境推行县制。以往秦、三晋与楚设县，多为边境偏僻地区，军事边防作用为先。商鞅变法后，将秦国全境统一划分为41县，最高行政长官为县令，秩级从600石至1000石不等，职责相当庞杂琐屑，包括管理农业生产、管理粮仓、管理公府金钱、兴发徭役兵役、铸造兵器等。县令之下有县丞和县尉，合称为长吏，是县令的佐官，分别负责辅助管理政务，以及县内军事之职。县令与长吏之下，有厩啬夫、皂啬夫等职责明确的胥吏。县的主要的作用。就是国家可以强力控制编户齐民，予取予求，赋税、兵役、徭役悉出于编户。
户籍编制和授田之法的最终目的，在于驱民为战，对外扩张，而商鞅变法中实行的军功爵制，则是军事组织动员的强心针。1975年出土于湖北云梦睡虎地的秦简中，亦有《军爵律》两条，分别规定了军功赏赐的具体政策，战场得敌人首级一，就能赏爵一级，为五十石之官;斩两首者爵二级，为百石之官……可谓简单直接，通晓民心。军功爵制的推行，也有力促进了秦王国的社会转型，使得周代贵族赖以维系统治的“礼乐”教养更加失去了意义。发达的军事组织与官僚制度之间，有着天然的亲和与互相促进性，使得万民在一条统一的起跑线上接受自上而下的统一指挥，协调行动。
随着变法各项措施雷厉风行地推行，秦国的国力迅速增强，东进拓疆，建立霸权成为孝公和商鞅关注的核心问题。东进，就必须彻底摧毁秦的宿敌魏国，也许在商鞅内心深处，他一直没有忘记魏惠王对他的冷落与忽视，而让魏国付出霸权旁落、疆域缩减、军力被毁的代价，则是最好的复仇。他游说秦王说：“秦与之魏，譬如人之有腹心患，非魏并秦，秦即并魏。”公元前354年，趁着魏赵大战邯郸之际，秦军东进，元里一站大获全胜，斩首7000，夺取了少梁，这是秦自商鞅变法以来取得的第一次外战大胜。两年后，商鞅晋升大良造，再次趁着魏国争霸中原，无暇西顾之势，率大军穿越河西，夺取了魏国的旧都安邑，并进而攻陷魏国防秦重镇固阳。
曾经轻视商鞅的魏惠王，终于尝到了悔之莫及的滋味。公元前344年，他派出使节前往宋卫邹鲁等国之间，试图建立联盟，集各国之力联盟伐秦。然而，这次表面上声势浩大的反秦联盟，却被洞悉魏惠王心理的商鞅轻松破解。他告诉孝公：独立抗击联军是下策;请齐楚等与魏国有隙的东方大国发兵来救，是中策;上策则是先以利害分歧破魏组织的反秦联盟，再设法令齐楚等国自行伐魏，这样秦国不仅自身无损，还可以再次趁魏国交困之际出兵收复河西之地。魏惠王居然在亲身涉险的商鞅游说下，吃下了秦国支持自己称帝这枚空心汤圆，计划联合燕国伐齐楚，兴冲冲地“故身广公宫，制丹衣柱，建九斿，从七星之旟”，闭门过起了皇帝瘾，结果引发东方六国众怒，先是在桂陵之战中败给齐军，丧师10万，又被商鞅率秦军趁火打劫，大将公子卬被俘，失去了河西之地。
凯旋而回的商鞅，达到了其事业与威望的顶峰，秦孝公亲去东郊迎接凯旋之师，同时兑现了自己“有强秦者，吾且尊官，与之分土”的诺言，将商鞅“封之於、商十五邑，号为商君”。
然而，正在商鞅达到自己政治生涯与理想抱负巅峰之时，灭顶之灾也悄然降临。一位名叫赵良的官员曾拜访商鞅，当商鞅洋洋自得地让他比较自己与曾经的穆公贤相百里奚哪个功劳大时，赵良说，百里奚出任秦相，劳累不坐车，酷暑炎热不打伞，走遍国中，不用随从的车辆，不带武装防卫。而商鞅却在封地南面称君，天天用新法来逼迫秦国的贵族子弟，用刑罚惩处反对变法的太子师傅。一旦出巡，则前呼后拥，车马众多，卫士们弓上弦，刀出鞘，实在不是长久之计。赵良进而说，商鞅的权势表面上炙手可热，实则除了秦孝公的支持外别无依托，如同日光下的朝露。他进而劝告商鞅其将十五邑封地交还秦国，到偏僻荒远的地方浇园自耕以自保。对赵良的建议，商鞅自然嗤之以鼻——5个月后，公元前338年，45岁的秦孝公骤然去世，新君太子驷刚继位，嗅到了政治风险改变的朝廷诸臣马上就将矛头指向了孤立的商鞅，一场腥风血雨的政治清洗立刻拉开了序幕。
一朝天子一朝臣，新君秦惠文王绝对不会允许卧榻之旁还有商鞅这样位高权重且有宿怨的前朝旧臣，曾因反对变法而受到文身等肉刑的太子师傅公子虔和公孙贾立刻劝告昔日的学生不要养虎遗患，于是商鞅被收缴了相印与兵权，逐回封地。不仅如此，惠文王又借口商鞅离行之仪礼形制太过奢靡，有越制非礼之罪，索性宣布其为罪臣叛党。穷途末路的商鞅在奔魏未果的情况下，只得暗自逃回封地起兵，作孤注一掷的抵抗。最终被惠文王所派大军击败，被执于郑国境内的渑池，惨遭车裂处死。
商鞅虽死，但其变法却已在秦国牢牢生根，所谓“秦妇人，婴儿皆言商君之法”，秦国已经如同一列呼啸的列车，完全在他设计的旨在富国强兵的法家政治轨道上隆隆前行。商鞅以后，各国客卿依旧源源不断涌入秦境，出自三晋或与三晋之学有渊源者众多。在其他秦代“四世而霸胜”前来助力的主要客卿中，韩非是韩国贵族，尉缭来自魏国，黄留珠在《秦客卿制度简论》中做过统计。在秦惠文王、秦悼武王、秦昭襄王、秦孝文王、秦庄襄王、秦王嬴政六位国君统治期间，“先后担任秦国相国要职的共有22人，其中18人是受人推荐的客卿，张仪、公孙衍、范雎、李斯……秦国遂成为战国时代外籍布衣将相最为密集的国家，也就此奠定了自己统一六国、合并天下的基础”。
