朱允炆到底是哪一天把祖父葬了的说法很多，明人朱国桢在《皇明大政记》称是有六月初一。《明史本纪》称是五月十六，而《通纪》及《建文朝野类编》都记载是闰五月二十九日。徐乾学在《读礼通考》又称，不是死后七天下葬的，而是七个月后，理由是，朱允炆是很讲礼制的皇帝，不应那么快就把祖父给葬了。
如今史学界大多认为，朱允炆确实是“速葬”了朱元璋。有史书上称朱允炆敢冒天下之大不韪是因为这是朱元璋自己选择的时间，而秘史更称，朱允炆实际上在即位的前一天就把朱元璋给下葬了。原因是朱元璋担心自己死后出乱子，留下遗言要朱允炆从速办自己丧事的。而朱允炆除了“遵旨”也有私心——急于即位。而从天气的角度考虑，速葬朱元璋也有道理。南京素有“火炉”之称，闰五月时已天气炎热，不早埋了容易发臭。
但决定下葬后发生了什么也成为了一个谜团。
灵异事件：在南京民间有个传说，朱元璋下葬那天出现了“迷魂阵”，就是南京的十三个城门同时出殡。对此迷魂阵有史书疑是假象，因为葬后不久传出朱元璋不是葬在孝陵，而独葬朝天宫。而民间也有说法称当年孝陵内每到夜里便传出马皇后的哭声，原因是守着孤坟悲伤所致。
但后来对于迷魂阵一说还存在着许多争议。有人说如果葬在孝陵内，就没必要搞假象；有人说朱允炆不会忍心把朱元璋葬在陵外的地方；还有人说朱元璋葬在北京的万岁山，但后来经过考证，该说法并不可信。
数年的科学探测、考古证明明孝陵地宫确实存在，但并不能证明朱元璋的尸骨就在地宫中，真相恐怕只有等到开挖明孝陵的那一天才能得知！因此在往后相当长的时间内，朱元璋到底葬在哪仍将是一个谜！
点评：关于半夜哭声，原来是马皇后的哭声，后来大搞法事才没有了哭声。而马皇后哭的理由说是一人空守一座孤坟，悲伤所致。“后来孝陵传夜哭，应缘马后悲孤独”，即是这个说法。
